بدأت قصة الجمعية برغبة عدد من أعضاء الجمعية العمومية بتأسيس جمعية مستقلة تُعنى بهذه الفئة الغالية في ظل عدم وجود جمعية معنية في هذا المجال بالمدينة المنورة تقوم برعايتهم وتقديم البرامج والأنشطة التأهيلية لهم، فكانت فكرة إنشاء جمعية خيرية متخصصة تعتني بذوي متلازمة داون بالمدينة المنورة، فتم إنشاء الجمعية في عام 2018م باسم جمعية المدينة المنورة لمتلازمة داون كأول جمعية متخصصة في هذا المجال بالمدينة المنورة ، وتم الترخيص لها بالعمل من المركز الوطني لتنمية القطاع غير الربحي بموجب الترخيص رقم (1056).
بعدها تم إنشاء مركز التأهيل التابع للجمعية في عام 2021م، لتقديم عدد من الأنشطة والبرامج لهذه الفئة الغالية في مجالات التربية الخاصة والعلاج الطبيعي والتدخل المبكر والعلاج الوظيفي، والنطق والتخاطب، والتكامل الحسي،وتنمية المهارات، والخدمات النفسية والاجتماعية والتعليمية، ويستفيد من المركز حالياً أكثر من (70) طفلاً، ولا يزال المركز ولله الحمد والمنة يحافظ على أعلى مستوى في تصنيف الرعاية النهارية وهو (+A) الصادر من قِبل الموارد البشرية والتنمية الاجتماعية وذلك في عامي 2023م، 2024م.
كما أطلقت الجمعية في عام 2023م أول خطة استراتيجية لها، والتي تضمنت رؤيتها ورسالتها وأهدافها الاستراتيجية لتقديم أفضل الخدمات لمستفيديها وفق خطة طموحة وذات معالم مستقبلية محدودة.
وفي عام 2024م قمات شركة مدينة المعرفة الاقتصادية مشكورةً بتخصيص أرض للجمعية بمساحة تقدر بـــ ( 5.177) م٢ بجوار مستشفى المواساة، وذلك لتقييم عليها الجمعية مشروعها النموذجي المقرر " بعون الله " أن يخدم كافة فئات ذوي متلازمة داون ( ذكور / إناث ) ولكافة الأعمار حتى سن ( 45 ) عاماً، وفق أحدث البرامج والأساليب العلمية، وضمن منظومة تشغيلية متطورة.
